Enfermée depuis dix-huit ans, en Angleterre, par sa cousine, la reine Elisabeth Ire, Marie n’a plus de contact avec l’extérieur. Entre 1587 et 1584, elle réussit à entretenir des correspondances avec l’ambassadeur de France, Michel de Castelnau, ainsi qu’avec d’autres officiers français. Ces lettres ont une particularité : elles sont chiffrées.

Dans ces écrits on retrouve une succession de symboles, chacune des lettres correspond à quatre symboles différents. Certains peuvent faire doubler la lettre qui la suit, d’autres sont « nuls » et servent à piéger le lecteur. Dans ses lettres, Marie évoque sa santé, se plaint de son sort et informe les Français des intrigues de la cour d’Angleterre. Ces lettres abordent également l’existence d’un complot dans laquelle la reine d’Écosse est impliquée

Marie à tout prix, libérer la reine catholique

Anthony Babington, jeune gentleman catholique, veut libérer Marie afin de la placer sur le trône d’Angleterre. Marie est très appréciée par la population catholique anglaise contrairement à Elisabeth Ire, reine protestante. Grâce aux lettres codées, Babington communique son plan à la prisonnière tout en brouillant le sens de son message. Pour déchiffrer ce code, Marie se fait aider par trois secrétaires : Nau de la Boisselière, créateur du chiffre, Curle, traducteur et Pasquier, qui déchiffre le courrier.

En 1585, un autre catholique anglais décide d’apporter son aide à Marie : Gifford. Il se charge de lui transmettre les lettres qui l’attendent à l’ambassade. Seul problème, Gifford est un agent double qui écrit à Walsingham, premier secrétaire de la reine d’Angleterre, pour se mettre à son service. Lorsqu’il transmet les lettres à la prisonnière, il les communique aussi à Walsingham qui les recopie et les décode.

L’arroseur arrosé

C’est la lettre de Babington qui condamne Marie. Alors qu’il lui propose un complot pour assassiner Elisabeth Ier et la mettre sur le trône, Marie lui demande d’attendre sa sortie. Walsingham reprend le code et se fait passer pour l’Écossaise et demande à Babington l’identité des hommes qui ont l’intention de l’aider. Ce dernier tombe dans le panneau et lui donne tous les noms. Marie Stuart et ses complices sont exécutés pour « haute trahison ». Ces lettres dans lesquelles Marie avait placé beaucoup d’espoir, conduiront finalement à sa fin.